1、 產(chǎn)權(quán)構(gòu)成不同。直營連鎖是指同一資本所有，由總部集中管理，共同開展經(jīng)營活動的高度組織化的零售企業(yè)。同一資本所有是區(qū)別直營連鎖店與其他經(jīng)營形式的關(guān)鍵，也是特許經(jīng)營與連鎖經(jīng)營本質(zhì)上的差別。
2、 管理模式不同。特許經(jīng)營的核心是特許權(quán)的轉(zhuǎn)讓，特許者（總部）是轉(zhuǎn)讓方，被特許者（加盟店）是接受方，特許體系是通過特許者與被特許者簽訂特許合同形成的，各個加盟店的人事和財務(wù)關(guān)系是獨立的，特許者無權(quán)進行干涉。被特許者需要對特許者授予的特許權(quán)和提供的服務(wù)以某種形式支付報酬。而在直營連鎖經(jīng)營中，總部對各分店擁有所有權(quán)，對分店經(jīng)營中的各項具體事務(wù)均有決定權(quán)，分店經(jīng)理作為總部的一名雇員，完全按總部意志行事。
3、 涉及的經(jīng)營領(lǐng)域不同。直營連鎖經(jīng)營的范圍一般僅限于商業(yè)和服務(wù)業(yè)，而特許經(jīng)營的范圍則寬廣得多，在制造業(yè)也被廣泛應(yīng)用。
4、 法律關(guān)系不同。在特許經(jīng)營中，特許者和被特許者之間的關(guān)系是合同雙方當(dāng)事人的關(guān)系，雙方的權(quán)利和義務(wù)在合同條款中有明確的規(guī)定。而直營連鎖不涉及這種合同（分店經(jīng)理與總部的雇傭合同則另當(dāng)別論），總部和分店之間的關(guān)系由公司內(nèi)部的管理制度進行調(diào)整。
5、 限制方式不同。特許經(jīng)營通過招募獨立的企業(yè)和個人擴張體系，特許者不僅需要吸引潛在的被特許者，還需選擇被特許者，并為被特許者提供培訓(xùn)和服務(wù)；通過直營連鎖擴大規(guī)模則要籌集足夠的資金，配備大批的管理人員。相比之下，特許經(jīng)營利用他人資產(chǎn)擴大市場占有率，所需資金較少，而直營連鎖的發(fā)展更易受到資金和人員的限制。
